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通过比较基因组揭示深渊中假单胞菌的高压代谢特征

6、海洋地球科学 > 专题3：从洋中脊到海斗深渊：环境、资源与探测技术

深渊指水深超过6000米的深部海洋，无光低温且具有很高的静水压力。这种极端环境带来的是深渊本土微生物独特的环境适应机制。在宏基因组分析中发现，假单胞菌广泛分布于马里亚纳海沟的原位及富集培养样本中，且均有较高的丰度。我们从中得到了17个bin和3株分离得到的假单胞菌。平均核苷酸相似度表明它们属于10个不同的种。将它们的核心基因组与水体，陆源生物，人体和植物种的假单胞菌核心基因进行比较，我们找到了327个特异的KEGG orthologs。其中大多数与氨基酸的生物合成以及双组分调节系统相关，暗示深渊环境下的假单胞菌通过独特的信号通路调节自身代谢，以适应极端的生态环境。