微藻被认为是酸性矿山废水(acid mine drainage ,AMD)生物修复的潜在材料。一般将微藻生物修复效率低下归因于AMD低pH、高重金属和寡营养的特点。然而，人们通常忽视了AMD中土著微生物对微藻生长和修复的潜在影响。因此，本研究旨在揭示AMD中典型微生物(Acidithiobacillus ferrooxidans)对耐酸微藻(Parachlorella sp. MP1)生长活性及生理代谢的影响，并探讨了其潜在的分子机制。研究发现，A. ferrooxidans的存在显著抑制了Parachlorella sp. MP1生长和产碱，导致微藻生物量降低90.86%。生理生化和转录组分析表明，氧化应激、光合作用和能量代谢是受影响最大的代谢过程。具体而言，A. ferrooxidans为Parachlorella sp. MP1带来更多的活性氧，酶和相关基因增加过氧化物酶体的发生，从而刺激细胞的氧化应激。光合作用相关基因的下调，导致其电子传递链受阻，抑制光合作用的进行。此外，丙酮酸和乙酰辅酶A代谢途径的基因表达发生变化，导致能量代谢紊乱。这些发现丰富了我们对AMD中微生物对耐酸微藻生长代谢的认识，有助于优化微藻在AMD生物修复工程中的应用策略。

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