章节

内 容

生物信息学介绍

生物信息学介绍与前沿技术动态

1、全局比对  Clustalw,Muscle,Hmmer

序列的比对

2、局部比对  Blast, Sim4,Genewise

3、序列比对算法分析

1、新一代测序技术原理和数据处理介绍

2、基因组拼接与组装

基因组 de novo 组装方法

重复序列分析技术

3、 RNA 分析

基因组/基因注释分析

tRNA,rRNA,microRNA,snoRNA

RNA 干扰，SiRNA 预测技术

4、基因预测

原核：Glimmer，真核：Genescan, Augustus

5、 基因功能注释及常用的数据库介绍

1、structural genomics: 结构基因组学

基因组学研究概述

2、functional genomics: 功能基因组学

3、Drug discovery: 药物研发

4、Personalized medicine：个性化、精细医疗

1、第一代测序技术：Sanger 测序原理

DNA 测序技术-转录

2、第二代测序技术：Illumina，454, Ion Torrent 原理

3、第三代测序技术：PacBio, Hellicos 原理

组分析的进化

4、第四代测序技术:  Oxford NanoPore 原理

5、其他技术 Hybridization based methods (NabSys)

Introduction

Experimental

Number of duplications

procedure for

Sequencing coverage

transcriptomic

Transcriptomic analysis using NGS (RNA-Seq)

analysis

Transcriptomic analysis using PacBio (Iso-Seq)

IsoSeq Experimental design

Data analysis

evaluation of data quality 数据分析

（part 1）：data

Data format，fasta，fastq，quality value，gff3 Data cleanup

pre-processing

Quality filter, trimmer, clipper