章节

   内 容

生物信息学介绍 

生物信息学介绍与前沿技术动态

新物种基因组测序策略及基因组文章构成分析

1. 新物种的基因组测序的意义
2. 基因组从头测序技术路线
3. 数据获得与处理
4. 基因组基本分析

新物种基因组测序策略及基因组文章构成分析

1. 转录组基本分析
2. 基因组比较分析
3. 数据挖掘与生物功能

4、基因组文章构思的关键基本共识

微生物基因组学

1、微生物基因组研究概况

2. 微生物基因组的特点

3微生物基因组研究的意义

4. 原核生物转录组学研究
5. 单个基因组分析流程

6、泛基因组分析流程

宏基因组/宏转录组的应用

Linux命令简介

1. Linux背景介绍
2. 常用命令
3. 权限管理
4. 进程查看等

R语言基础以及ggplot2绘图

1. R语言基本介绍
2. R语言基本运算、向量函数
3. R语言数据读入以及导出
4. ggplot2基本绘图 （条形图、散点图、折线图等）

使用R语言进行生物信息学相关的分析

1、高通量测序RNA-seq数据的格式、质量值计算、优缺点

2、无参考基因组-数据拼接软件介绍

3、表达量计算软件介绍

上机操作实习：

（i）利用bioconductor包EdgeR进行差异基因分析

（ii）利用bioconductor包degeR进行差异基因分析

（iii）利用热图进行聚类分析

（iv）GO、KEGG等功能聚类分析及用perl语言实现

BioEdit、WEGO等常用生物软件介绍

生物信息学专业常用工具及绘图方法

1. 利用fastQC进行质量评估
2. BLAST简单介绍
3. 微生物基因组圈图（CGview, OGdraw）
4. 功能注释（KEGG（KAAS），Islandviewer，ARDB）
5. 进化树分析（模型评估，进化树构建，注释）MEGA
6. 泛基因组学分析（PanGP）

生物信息学专业常用工具及绘图方法

1、Perl语言入门

2、基因组大小评估

3、基因组拼接质量评估

（i） N50统计

（ii） 根据比对结果统计深度和覆盖度

（iii）碱基GC含量等信息统计

4、基因结构预测结果展示和提取

（i）GFF文件介绍

（ii）GFF内容提取

5、使用circos绘制基因组圈图